濟寧醫(yī)學院有基礎醫(yī)學院、第二臨床醫(yī)學院、護理學院、馬克思主義學院、法醫(yī)學與醫(yī)學檢驗學院、中西醫(yī)結(jié)合學院、康復醫(yī)學院、國際教育學院、臨床醫(yī)學院、公共衛(wèi)生學院等學院，以下是具體名單一覽表，供大家參考，如有變動，以學校最新公布的信息為準。

1、太白湖校區(qū)學院設置

基礎醫(yī)學院

第二臨床醫(yī)學院

護理學院

馬克思主義學院

法醫(yī)學與醫(yī)學檢驗學院

中西醫(yī)結(jié)合學院

康復醫(yī)學院

國際教育學院

2、任城校區(qū)學院設置

臨床醫(yī)學院

公共衛(wèi)生學院

精神衛(wèi)生學院（精神醫(yī)學研究院）

口腔醫(yī)學院

3、日照校區(qū)學院設置

藥學院

醫(yī)學信息工程學院

管理學院

生物科學學院

外國語學院

4、高新區(qū)科教園學院設置

醫(yī)藥工程學院