安徽醫(yī)科大學臨床醫(yī)學院是2003年由安徽醫(yī)科大學創(chuàng)建，是經(jīng)國家教育部和安徽省人民政府批準設立的獨立學院；是安徽省納入第二批本科錄取的全日制普通高等教育本科院校。 

學院秉承安徽醫(yī)科大學90余年的文化傳統(tǒng)和辦學理念，堅持“以教學為中心，以學生為主體”的辦學宗旨，堅持“需求導向、錯位爭先、醫(yī)教協(xié)同、特色發(fā)展”的發(fā)展思路。2017年11月遵照教育部26號令要求，由安徽醫(yī)科大學與安徽新華集團投資有限公司合作舉辦，是按新機制和新模式運行的本科高校。2019年，獨立學院轉設納入教育部十三五規(guī)劃。 2021年3月，學院轉設方案經(jīng)省教育廳上報教育部審批。