新疆醫(yī)科大學厚博學院于2003年5月6日在烏魯木齊獲準成立，2004年2月5日由國家教育部教發(fā)函〔2004〕13號文件確認，是由新疆醫(yī)科大學舉辦的、充分依托大學優(yōu)質(zhì)教育資源和辦學優(yōu)勢建設發(fā)展的獨立學院。2012年12月6日，克拉瑪依市委市政府與新疆醫(yī)科大學共同簽訂了合作建設新疆醫(yī)科大學厚博學院協(xié)議書。2015年9月新校區(qū)落成，學院正式搬遷至克拉瑪依市。

2017年5月，克拉瑪依市委市政府與新疆醫(yī)科大學就雙方進一步合作辦好厚博學院進行了協(xié)商，之后克拉瑪依市委市政府與新疆醫(yī)科大學簽訂了《新疆醫(yī)科大學與克拉瑪依市人民政府共建厚博學院備忘錄》，根據(jù)備忘錄精神，新疆醫(yī)科大學厚博學院擬更名為“新疆醫(yī)科大學克拉瑪依學院”，定位為醫(yī)學類院校。

經(jīng)教育部黨組會議研究決定，同意新疆醫(yī)科大學厚博學院轉(zhuǎn)設為新疆第二醫(yī)學院，學校標識碼為4165013560；同時撤銷新疆醫(yī)科大學厚博學院的建制。